中空纖維超濾膜性能精良，可以截留分子量較低的雜質，在科研生產領域應用廣泛。然而，超濾膜使用時間一長，膜表面會被截留的各種有害雜質籠罩，甚至膜孔也會被更為渺小的雜質堵塞，其分離機能也會下降。因此，中空纖維超濾膜必須及時進行清洗。
中空纖維超濾膜工作原理示意圖：
一般情況下，中空纖維超濾膜的清洗步驟，可以分為以下幾步：
1、用清水沖洗整個超濾系統，水溫最好采用膜組件所能承受的較高溫度。
2、選用適合的清洗劑進行循環清洗，清洗劑中可含EDTA或六偏磷酸鹽之類的絡合劑。
3、用凈水沖刷，去除清洗劑。
4、在規定條件下校核膜透水量。如未能達到預期數值，反復第二、三步清洗過程。
5、用0.5％的甲醛水溶液進行消毒儲存。
中空纖維超濾膜的清洗方法可分為物理方法和化學方法兩大類。
中空纖維超濾膜的物理清洗法是利用機械來去除膜表面的污染物，清洗過程中不產生任何化學反應。常見的主要有水氣混雜清洗法、等壓水力沖洗法、熱水及純水沖洗法、負壓反向沖洗法等。
1、水氣混雜清洗法：將污染過的壓縮空氣與水一并放進超濾膜內，在水氣混液的激烈攪拌作用下，膜表面比較堅實的雜質很容易去掉。
2、等壓水力沖洗法：關閉超濾液出口閥門，打開濃縮水出口閥門，此時中空纖維內外兩側壓力逐漸趨于平衡，因壓力差粘附于膜表面的污垢松動，借增大的流量沖洗表面，這對去除膜表面上大量松軟雜質有效。
3、熱水及純水沖洗法：熱水沖洗膜表面，對那些粘稠而又有熱溶性的雜質去除效果顯著。純水溶解能力強，循環沖洗效果比較好；
4、負壓反向沖洗法：這是一種從膜的負面向正面進行沖洗方法，對內外有致密層的中空纖維或毛細管超濾膜是比較合適的。
中空纖維超濾的化學清洗法是利用某種化學藥品與膜面有害物質進行化學或溶解作用來達到清洗目的。富勒姆
水處理專家表示：化學藥品在使用時要注意不能與膜及其他組件材質發生任何化學反響或溶解作用，也不能因為使用化學藥品而引起二次污染。
1、酸洗法：常用的酸有鹽酸、草酸、檸檬酸等。配制后溶液的PH值因材質類型而定。例如CA膜蕩滌液PH=3～4，其他PAN、PVDF、PS、SPS、等膜PH=1～2。應用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除無機雜質后果好。
2、堿洗法：常用的堿主要有氫氧化鈉、氫氧化鉀和碳酸鈉等。配制堿溶液的PH值也因膜材質類型而定，除CA膜要求PH=8左右以外，其他耐腐化PH=12，同樣利用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除有機雜質及油脂有效；
3、氧化性清洗劑：利用1～3％H2O2，500～1000mg/LNaClO 等水溶液清洗超濾膜，既去除污垢，又殺滅細菌。
4、加酶洗滌劑清洗：加酶洗滌如0.5％～1.5％胃蛋白酶、胰蛋白酶，對去除蛋白質、多糖、油脂污染物質有效。